在反渗透膜系统运行过程中，运行一段时间以后，膜上吸附沉积了大量污染物需要被及时清除干净，以待下一次高效率的运行。如果每次清洗不到位就接着进行过滤，污染将会进一步的累积，累积到膜表面流道被堵死，清洗剂无法透进去的现象。同时由于长期带压力运行，污染物会发生密实现象，这都将导致膜的清洗恢复困难，最终导致膜的报废。

一般出现产水量下降较多，产水水质、脱盐效果变差，系统各段之间压差变大等情况时，说明反渗透膜污染比较严重，需要清理了。一般使用的化学清洗液有柠檬酸、盐酸、亚硫酸氢钠等，针对不同的污染使用不同的溶液。如果反渗透长时间不使用(3天往上)，需用亚硫酸氢钠溶液注入反渗透膜组件，抑制微生物生长。

如果是反渗透膜系统停运一周以上(环境温度在5℃以上):停运前，先对系统进行低压(0.2-0.4MPa)，大流量(约等于系统的产水量)冲洗，时间为14~16分钟:按照反渗透系统操作说明书中有关系统化学清洗的方法进行化学清洗:化学清洗完毕后，冲洗干净反渗透膜:配制0.5%的福尔马林溶液，低压输入系统内，循环10分钟:关闭所有系统的阀门，进行封存:如系统停运10天以上，则每10天须更换一次福尔马林溶液。

反渗透系统短期内停运(1-3天)停运前，先对系统进行低压(0.2-0.4MPa)，大流量(约等于系统的产水量)冲洗，时间为14~16分钟:保持平常的自然水流，让水流入浓水道。环境温度在5℃以下:停运前，先对系统进行低压(0.2-0.4MPa)，大流量(约等于系统的产水量)冲洗，时间为14~16分钟;在有条件的地方，可将环境温度升高到5℃以上，然后按照上面的方法，进行反渗透膜系统保养。