活性炭过滤器是利用活性炭所具有的毛细孔对水中的大分子有机物、余氯、铁氧化物等胶体物进行吸附过滤，这种吸附是不可逆的，即活性炭有少量的饱和吸附容量。

活性炭过滤器的作用主要是除去大分子有机物、铁氧化物、余氯。有机物、余氯、铁氧化物易使离子交换树脂中毒，而余氯、阳离子表面活性剂等不但会使树脂中毒，还会破坏膜结构，使反渗透膜失效。

一旦吸附饱和后，活性炭就会失去吸附性能，无法用反冲洗的方法冲去污染物。另外，活性炭吸附有机物后，为细菌提供了营养，造成细菌在活性炭过滤器内的大量繁殖，水中的微生物含量经活性炭过滤后反而升高。

在活性炭吸附饱和之前，还要定期进行反冲洗，以冲出活性炭表面的大量菌团及悬浮固体物。活性炭吸附饱和后，应更换活性炭，否则会造成反渗透膜不可弥补的损伤。

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